En Morelos se han detectado 99 fosas clandestinas en el periodo que va desde el año 2006 hasta el año 2023, según el informe de la Comisión Nacional de Búsqueda de Personas Desaparecidas. Esta cifra representa el 3.6% de las fosas clandestinas que hay en todo el país, que según el centro de investigación Morelos Rinde Cuentas, son 2,710.
En casi un 40% del territorio de Morelos se han encontrado este tipo de fosas clandestinas, las cuales se atribuyen mayormente a temas relacionados con el crimen organizado. Estas irregularidades en los entierros se han encontrado en al menos 17 de los 36 municipios que existen en el estado de Morelos
Cuautla es el municipio donde se han localizado el mayor número de fosas clandestinas, con 16. En este municipio, en el año 2016 se encontraron fosas irregulares en el panteón de la comunidad de Tetelcingo, que eran operadas por la Fiscalía General del Estado (FGE). A Cuautla le siguen Xochitepec con 15, Puente de Ixtla con 11, Amacuzac y Jojutla con 10, mientras que en el municipio de Temixco se han reportado 9.
El informe de Morelos Rinde Cuentas también reveló que en la capital del estado, Cuernavaca, y en Yecapixtla se han reportado la localización de al menos seis fosas. En este último, la Brigada Nacional de Búsqueda de Personas Desaparecidas localizó diversos indicios enterrados de forma irregular en un predio de la comunidad de Mixtlalcingo. También se han encontrado fosas clandestinas en los municipios de Villa de Ayala y Tlaltizapán, donde se han registrado 4 y 3, respectivamente. Mientras que en Huitzilac, Yautepec y Coatlán del Río se han encontrado un par en cada demarcación y al menos una se reporta en los municipios de Tlaquiltenango, Emiliano Zapata y Ocuituco.
Por su parte, en los municipios de Tepoztlán, Miacatlán, Tepalcingo, Axochiapan, Tlayacapan, Atlatlahucan, Xoxocotla, Tetecala, Jonacatepec, Zacatepec, Mazatepec, Tlanepantla, Jiutepec, entre otros municipios, aún no se ha registrado el hallazgo de fosas irregulares.